遗传学分析显示，距今约1.1万年的东胡林M1女性个体代表了一支此前未被识别的、深度分化的东亚北方支系，其分化时间与目前已知最古老的东亚北方人群——黑龙江流域距今约1.9万年的AR19K人群相近。这表明，部分更新世晚期深度分化的东亚北方支系成功跨越冰期，存续至全新世并开始了具有新石器时代特征的实践。

此外，东胡林M1与遗址中采集的另一个体东胡林M02的线粒体单倍型均为D4h1，但属于不同分支，且都在所属分支中较早地分化出来，所在分支的最近共同祖先可追溯至更新世晚期，与核基因组分析结果相吻合。这从遗传学的角度，支持了考古学研究提出的东亚北方地区旧新石器过渡是一个相对漫长的阶段而非突变的观点。

揭示万年前后人群的遗传变化

研究发现，东胡林M2男性个体与同一遗址较早期的东胡林M1相比发生了遗传成分的变化，这与遗址上下层陶器器型变化、人骨形态学差异等证据高度吻合，说明在全新世早期升温过程中，东胡林遗址内部发生了人群更替，这一模式与万年前后同时期的黑龙江流域及山东地区人群表现出的遗传连续性不同。

值得注意的是，尽管东胡林遗址早晚期存在人群的变化，但仍保持连续的新石器化实践，如粟的持续驯化。这一发现支持了此前学界提出的观点：生存压力迫使人群探索新的资源利用策略，而这或许是东亚北方旧新石器时代过渡进程的驱动力之一。

此外，结合考古学的证据，从东胡林M2相关人群在制造工具(打制与磨制石器、细石器、复合工具等)，用具(陶器、骨器、螺壳项链等)，以及黍(粟)类作物的驯化等方面表现出的能力、技术与智慧看，其代表的生产力较为先进，在形成与发展的过程中走出了自己的独特道路。

解码跨区域互动与遗传多样性

此项研究观察到东胡林遗址人群和外界人群存在跨区域交流，并给出遗传学证据，如东胡林M1相关遗传成分对黑龙江流域距今1.4万年以来的人群(ARpost14K)存在基因交流；东胡林M2与内蒙古新石器时代早期裕民文化人群的遗传联系。同时，遗址内发现的可能为外来的紫游螺壳项链、鸵鸟蛋壳等装饰品，也支持了这一观点。