有机食品的加工有着特殊的要求。专业从事有机食品研究和认证的环保部有机食品发展中心（OFDC）的总工程师邰崇妹认为，有机食品加工应配备专门的设备和车间，或采用严格的清洗隔离措施，以保证有机食品的纯正性。

    为保障有机食品质量，有机食品加工应配备专用设备，如果必须与常规产品加工共用设备，则在常规加工结束后，必须对设备进行彻底清洗，并不得有清洗剂残留。也可在有机转换或常规产品加工结束、有机产品加工开始之前，先用少量有机食品原料进行加工，将残存在设备里的前期加工物质清理出去（即冲顶加工）。冲顶加工的产品不能作为有机食品销售，且冲顶加工应保留记录。

    有机食品加工厂设立有机加工专用车间或生产线，不仅是确保加工过程的有机完整性的有效措施，而且可以减少管理的复杂性和有机检查的难度。但在许多情况下，由于有机产品的加工量比较少，或者由于市场需求的多样性，有机食品加工企业很难满足这一条件，因此，有机食品标准中有允许进行平行加工的条款，不但允许进行不同品种的有机与常规或转换产品之间的平行加工，而且还允许进行同一品种的有机与常规或转换产品之间的平行加工。这就要求有机食品加工企业必须十分认真地采取严格的加工、清洁、清洗、包装、仓储、运输等措施，将有机与常规或有机转换产品的原料、半成品、成品区分开来，并严格做好记录，做到可以随时接受认证机构的检查和审核。如果管理不善，会发生产品混合等问题，将给有机食品颁证带来严重影响。

    据环保部有机食品发展中心的总工程师邰崇妹介绍，如果在开始有机食品加工之前，无法依靠一般方法来彻底清除留存在加工设备中的常规或转换产品或其残留物的话，则要求加工厂严格采取下列措施：如果要使用加工过常规产品或转换产品的设备加工有机食品，则应先用少量有机食品原料在设备中进行“冲顶”加工，将残留在设备里的前期加工物质随同冲顶加工产品一起清理出去，然后将这少量的有机原料加工出来的冲顶产品作为常规或转换产品处理；之后，再清理好设备，才能正式开始有机产品的加工。对冲顶加工的运作全过程（加工、包装、仓储、运输）及冲顶加工产品的处置（包括销售），都必须有详细记录，检查员在检查时，必须能得到并审核这些记录和销售单据。

    有机食品的加工工艺应不破坏食品的主要营养成分。在我国的有机食品加工过程中，可以使用机械、冷冻、加热、微波、烟熏等处理方法及微生物发酵工艺；可以采用提取、浓缩、沉淀和过滤工艺，但提取溶剂仅限于符合国家食品卫生标准的水、乙醇、动植物油、醋、二氧化碳、氮或羧酸，在提取和浓缩工艺中不得添加其他化学试剂。

    不过，在有机食品加工中是否允许使用微波设备和技术，是目前国际上争论的一个议题，我国的标准允许使用。但既然有些国家（或地区）的标准禁止使用微波技术处理有机食品，那么，我国的有机从业者在从事有机食品的加工和出口过程中，必须充分考虑这一因素。

    在实际操作中，有机食品加工企业必须注意，不得使用人工合成的化学物质进行烟熏。

    在有机食品加工过程中，如有提取工艺，可使用羧酸，但要按照标准规定进行。羧酸（RCOOH）是最重要的一类有机酸，常见的有脂肪族的酒石酸、草酸、苹果酸、枸椽酸、抗坏血酸（即维生素C）、水扬酸、弱酸等，亦有芳香族的如苯甲酸（安息香酸）、水杨酸、咖啡酸等。许多羧酸可以从天然产物中获得。

    在有机食品加工和贮藏过程中，禁止采用离子辐照设备和技术。同时，在有机食品加工过程中，也禁止使用石棉过滤材料或可能被有害物质渗透的过滤材料。

    采用X射线、伽马射线或者电子束等高能射线，对食品进行短时间的辐射处理（离子辐射），可消灭或者减少食物中的细菌、寄生虫、霉菌和其他微生物。辐射能可以分解这些微生物中的分子链，消灭食品中的微生物，或者使微生物不能再繁殖。根据食品品种的不同，所采用的高能射线照射的剂量也有所不同。由于离子辐照会改变食品的分子结构，这一技术对人体健康的影响还在争议之中，因此，在有机食品加工中，禁止使用离子辐照设备和技术。

    曾在食品加工中作为过滤材料使用的石棉，已经被全世界公认为高致癌的危害人类健康的“致命纤维”，即使在常规食品的生产加工中，也已经受到严格控制。在有机食品的加工过程中，石棉被禁止使用，特别是禁止作为过滤材料使用。